Hiện tại, Khánh Hòa vẫn duy trì đào tạo trẻ đủ 6 tuyến từ U.11 đến U.21. Đầu năm 2013, Khataco Khánh Hòa đã bàn bộ toàn bộ lứa U.17, U.19, U.21 cho TT huấn luyện kỹ thuật thể thao Khánh Hòa. Sau đó, Sanna tham gia nhưng chỉ đóng vai trò nhà tài trợ chính.

Không có kinh phí dồi dào như thời được Khataco tài trợ nên công tác đào tạo trẻ của Khánh Hòa đang gặp nhiều bất cập. Thậm chí nguyên lứa cầu thủ sinh năm 95 chỉ có mỗi Phạm Trùm Tỉnh được xem là gương mặt tiêu biểu. Tuy nhiên, tiền vệ này không được đánh giá cao do có thể hình hạn chế. Trong khi đó, lứa kế cận sinh năm 96 chỉ có Lâm Ti Phông và Trần Đình Khương được đánh giá có triển vọng.

Với 3 gương mặt được đánh giá tốt về chuyên môn trong cả 2 lứa cầu gần nhất so với đội 1 đá V.League, đó là một nỗi lo thực sự với bóng đá Khánh Hòa. Điển hình nhất là không có lứa kế cận tốt nên S.Khánh Hòa BVN phải mở rộng tay đón khá nhiều cầu thủ “hàng dạt” trong mùa bóng vừa qua.

Bóng đá phố Biển từng gặp hoàn cảnh tương tự như hiện tại. Họ từng đôn lên lứa những Tấn Tài, Quang Hải, Trọng Bình… thi đấu rất hay nhưng mất cả lứa cầu thủ sinh năm 89, chỉ có mỗi Tấn Đạt (tân binh vừa được XSKT.Cần Thơ chiêu mộ) được đánh giá tốt. Đây được xem là bài học lớn cho những người làm bóng đá Khánh Hòa, nếu muốn phát triển bền vững và có tương lai.