Bắt đầu từ giai đoạn hai, 8 đội bóng xếp đầu bảng sẽ tranh ngôi vô địch V.League 2020 (nhóm A). Trong khi đó, các đội xếp từ hạng 9 đến 14 sẽ phải chạy đua cho tấm vé tránh xuống hạng mùa giải năm sau (nhóm B).

Theo lịch của ban tổ chức, bốn đội dẫn đầu sẽ được đá bốn trận sân nhà và ba trận sân khách. Các đội xếp thứ vị trí thứ 5 đến vị trí thứ 8 sẽ đá ba trận sân nhà và bốn trận sân khách.

Đội xếp ở vị trí thứ 9 đến 11 sẽ thi đấu ba trận sân nhà và hai trận sân khách. Trong khi đó, đội xếp từ vị trí thứ 12 đến 14 sẽ được thi đấu hai trận sân nhà và ba trận sân khách.

Sau vòng 13 khép lại, đã xác định 4 đội dẫn đầu là Sài Gòn, Viettel, Than Quảng Ninh và Hà Nội. Bốn đội bóng này sẽ nắm ưu thế nhất định trong cuộc đua tranh ngôi vô địch. Bởi thực tế với 7 lượt trận của giai đọan hai, họ sẽ có bốn trận thi đấu sân nhà và ba trận thi đấu sân khách. 

Theo điều lệ của giải đấu (nhóm A) tranh ngôi vô địch, sẽ tính tổng số điểm của hai giai đoạn một và hai, đội nào xếp cao nhất giành ngôi vô địch. Trong trường hợp nếu như hai đội bằng điểm nhau sẽ xét các trận đấu đối đầu trực tiếp giữa hai đội cả giai đoạn một và giai đoạn hai. 

Nếu tiếp tục bằng điểm sẽ xét hiệu số bàn thắng, bàn bại. Nếu hai đội vẫn chưa thể phân định được sẽ xét thẻ vàng và thẻ đỏ. Nếu vẫn chưa thể xác định đội giành chiến thắng ban tổ chức sẽ dùng phương án bốc thăm tìm ra đội vô địch. Điều lệ trên cũng áp dụng tương đương với các đội bóng (nhóm B) xuống hạng, sau 7 trận lươt đi, đội nào thấp điểm nhất sẽ trở về mái nhà xưa giải hạng nhất QG 2021. 

Vị trí các đội bóng sau giai đoạn 1:

Nhóm A: 

- Nhóm 4 đội dẫu đầu (đá 4 trận sân nhà): Sài Gòn, Viettel, Than Quảng Ninh, Hà Nội

- Nhóm 5-8 (đá 3 trận sân nhà): TP. HCM, B.Bình Dương, HAGL, Hồng Lĩnh Hà Tĩnh

 

Nhóm B: 

- Nhóm 3 đội dẫn đầu, từ thứ 9 đến 11 (đá 3 trận sân nhà): SHB Đà Nẵng, Thanh Hóa, SLNA

- Nhòm từ 12-14 (đá 2 trận sân nhà): Nam Định, Hải Phòng, Quảng Nam