Sau vòng loại được tổ chức ở 4 khu vực, 12 đội bóng trên cả nước đã xuất sắc giành vé góp mặt ở VCK U21 quốc gia 2023. Theo đó, 10 đội bóng vượt qua vòng loại là U.21 Viettel, U.21 Hà Nội, U.21 PVF-CAND, U.21 Kon Tum, U.21 Đà Nẵng, U.21 TP.HCM, U.21 Long An, U.21 Khánh Hòa, U.21 Đắk Lắk, U.21 Tây Ninh sẽ cùng với 2 đội chủ nhà là U.21 Thanh Hóa và U.21 SLNA cạnh tranh quyết liệt cho ngôi vô địch.

Theo đó, 12 đội được chia vào 3 bảng. Các đội sẽ đá theo thể thức vòng tròn 1 lượt để tính điểm, xếp hạng. 2 đội đứng đầu mỗi bảng cùng 2 đội đứng 3 có thành tích tốt nhất sẽ góp mặt ở tứ kết.

Lá thăm may rủi đưa đương kim vô địch U.21 Hà Nội nằm cùng bảng B với U.21 Đà Nẵng, U.21 Khánh Hòa, U.21 TP.HCM. Bảng A là sự xuất hiện của đội chủ nhà U.21 Thanh Hóa, U.21 Viettel, U.21 PVF-CAND, U.21 Tây Ninh. Trong khi đó, đồng chủ nhà U.21 SLNA chung bảng C với U.21 Long An, U.21 Kon Tum và U.21 Đắk Lắk.

Bảng A và B thi đấu ở Thanh Hóa. Bảng C thi đấu ở Nghệ An. Tất cả các trận từ vòng tứ kết đến chung kết đều tổ chức trên sân Thanh Hóa.