Giải đấu do Công ty CP Bóng đá Việt (VietFootball) phối hợp với Liên đoàn Bóng đá Việt Nam, Liên đoàn Bóng đá Hà Nội, Liên đoàn Bóng đá TP.HCM và CLB hạng Nhì Phù Đổng tổ chức. Sau thành công của hai mùa SPL trước đó, giải đấu ngày càng có sức hút với sới phủi Sài thành. Bằng chứng đã có hơn 30 đơn đăng ký tham dự vòng playoff đến từ các đội phong trào trên địa miền các tỉnh thành miền Nam. Nhận thấy nhu cầu rất lớn từ người chơi nên Ban tổ chức quyết định nâng số đội tham dự vòng chung kết từ 10 lên thành 12 đội. 

Dựa vào một số tiêu chí từ hơn 30 đơn đăng ký, Ban tổ chức đã chọn ra 16 đội để tiến hành chia bốn bảng thi đấu vòng playoff. Sau ba lượt trận đầy căng thẳng, các thành viên tổ chức đã xác định 5 đội vượt qua vòng loại để cùng 7 đội đạt thứ hạng cao tại SPL-S2 tham dự vòng chung kết SPL-S3. 

Cụ thể 12 đội bóng, gồm KardiaChain Sài Gòn, Quốc An Quốc Michel, Song Hùng, W-Team, Lam Hồng, Hạt Điều Thương Thương, Chân Tình (HAT Sài Gòn), Xây Dựng Minh Cảnh, Bưng Biền, Nghiêm Phạm Holdings, PT và Bất động sản Nam Dương.

Các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm để xếp hạng chung cuộc. Tất cả các trận đấu thuộc SPL-S3 được diễn ra trên tổ hợp sân cỏ nhân tạo Phước Long A (quận 9) từ ngày 10/10 đến 19/12. Đội vô địch nhận số tiền thưởng 60 triệu đồng, đi kèm với suất duy nhất tham dự VPL-S2. Đội á quân đoạt 40 triệu và hạng ba nhận 20 triệu đồng tiền thưởng. 

Ngoài ra Ban tổ chức còn trao thêm các phần thưởng Giải phong cách (10 triệu đồng), Vua phá lưới, Cầu thủ xuất sắc, Thủ môn xuất sắc và Huấn luyện viên xuất sắc (5 triệu đồng). 

Năm nay Ban tổ chức tiếp tục giữ nguyên điều lệ cho phép các đôi được đăng ký 5 cầu thủ đang thi đấu tại V-League, hạng Nhất và hạng Nhì quốc gia 2020 nhưng chỉ được phép ra sân 3 cầu thủ trên một thời điểm.

Tại sân chơi VPL-S2, Ban tổ chức tiếp tục giữ nguyên 4 suất tham dự giải đấu này. Cụ thể ngoài đội vô địch SPL-S3 thì 3 tấm vé còn lại được trao cho đội vô địch, hạng nhì HPL-S8 (Ngoại hạng Hà Nội) và đội vô địch KPL-S2 (Ngoại hạng Khánh Hòa). Giải đấu dự kiến diễn ra trong hai ngày 26 và 27/12 tại Hà Nội.