Tham dự giải năm nay có tổng cộng 14 đội, đáng chú ý, đó là sự góp mặt của PVF, đội không thể thăng hạng ở giải hạng Ba QG 2015 sau khi để thua Hà Nội T&T và An Giang ở VCK. TTK VFF Dương Nghiệp Khôi cho biết, theo điều lệ giải, do Đồng Nai bỏ cuộc nên PVF được đôn lên thay vì xếp thứ 4 chung cuộc giải hạng Ba QG 2015.

Sáng 14/3, VFF tiến hành công bố điều lệ và bốc thăm giải hạng Nhì QG 2016

Dựa trên yếu tố khu vực, vị trí địa lý và sự thống nhất của các đội bóng, BTC đã chia làm 2 bảng đấu. Bảng A: Công an Nhân dân, Hà Nội T&T, Viettel, Bình Định, Sanatech Khánh Hòa, Lâm Đồng và Bình Thuận. Bảng B: Mancons Sài Gòn, PVF, Long An, Tiền Giang, Bến Tre, Vĩnh Long và An Giang.

Theo điều lệ, các đội sẽ thi đấu vòng tròn 2 lượt đi và về ở mỗi bảng, sau đó 2 đội xếp thứ nhất ở mỗi bảng thi đấu 1 trận chung kết, đội nào thắng sẽ giành quyền lên chơi giải hạng Nhất QG 2017. Đội xếp cuối cùng sau khi xét kết quả thi đấu của 2 bảng sẽ xuống hạng.

Giải hạng Nhì QG 2016 diễn ra từ 12/4 – 12/7.