Dù sở hữu khá nhiểu phẩm chất 

1.U23 Việt Nam – U23 Brunei (SEA Games 28)

Trong trận ra quân tại Sea Games 28 với U23 Brunei, Công Phượng không lâu sau khi vào sân được trao cơ hội trên chấm phạt đền. Cú đá theo phong cách panenka của chân sút sinh năm 1995 đã đánh lừa được thủ môn đối phương nhưng lại đưa bóng tìm tới xà ngang.

Tuy vậy chỉ ít phút sau, cầu thủ của Hoàng Anh Gia Lai cũng có được bàn thắng cho riêng mình và cùng U23 Việt Nam giành chiến thắng 6-0.

Công Phượng thường được trao trọng trách đá penalty ở các đội bóng

2. U21 Hoàng Anh Gia Lai – U21 Việt Nam (U21 Quốc tế 2015)

Trong trận Bán kết U21 Quốc tế giữa U21 Việt Nam, Công Phượng có màn trình diễn chói sáng với cú đúp bàn thắng, giúp U21 Hoàng Anh Gia Lai kết thúc trận đấu với tỉ số  hòa 2-2. Tuy nhiên ở loạt sút 11m, cầu thủ người Nghệ An không thể thành công. Tuy nhiên, U21 HAGL vẫn giành chiến thắng chung cuộc với tỉ số 4-3 trong loạt đấu súng cân não để giành vé vào Chung kết.

3. U21 Hoàng Anh Gia Lai – U21 Yokoham (U21 Quốc tế 2016)

Một năm sau tại giải U21 Quốc tế 2016, U21 Hoàng Anh Gia Lai đối đầu U21 Yokohama trong trận Bán kết. Trận đấu cần phân định thắng thua trên chấm luân lưu  khi hai đội hòa nhau không bàn thắng sau thời gian thi đấu chính thức. Ở cú đá quyết định, Công Phượng tự biến mình thành thảm họa với cú đá panenka không thể đánh bại thủ môn bên phía U21 Yokohama.

Sau tình huống này, chân sút xứ Nghệ ngay lập tức nhận sự chế giễu từ người đồng nghiệp. Một cơn "mưa gạch đá" từ các cổ động viên cũng đã xuất hiện trên khắp các trang mạng xã hội hướng về cầu thủ của Hoàng Anh Gia Lai.

4.U22 Việt Nam – U22 Thái Lan (SEA Games 29)

U22 Việt Nam bước vào cuộc chạm trán U22 Thái Lan tại lượt trận cuối cùng vòng bảng SEA Games 29 với mục tiêu phải giành ít nhất một điểm để giành vé đi tiếp. Khi tỉ số đang là 2-0 nghiêng về phía đội bóng xứ sở chùa vàng, U22 Việt Nam được hưởng cú đá penalty sau khi Quang Hải bị đối phương phạm lỗi trong vòng cấm.

Tuy nhiên, áp lực tâm lý khiến Công Phượng sút bóng vọt xà ngang ở cự ly 11m. Sau pha bóng này, U22 Việt Nam nhận thêm một bàn thua và kết thúc trận đấu với thất bại 0-3, qua đó dừng bước ngay tại vòng bảng SEA Games 29. Cú sút hỏng phạt đền khiến Công Phượng nhận khá nhiều chỉ trích từ các cổ động viên nước nhà. Nhiều cổ động viên coi cầu thủ sinh năm 1995 là tội đồ trong thất bại của U22 Việt Nam.

Nụ cười gượng gạo của Công Phượng sau khi thực hiện 2 quả penalty không thành công. Ảnh: Trung Thu

5.Olympic Việt Nam – Olympic Pakistan (ASIAD 2018)

Trong trận ra quân tại ASIAD 2018 với Olympic Pakistan, Công Phượng hai lần được tin tưởng thực hiện quả penalty cho Olympic Việt Nam. Tuy nhiên, cầu thủ 23 tuổi đã thực hiện không thành công cả hai cơ hội trên chấm 11m. Tiền đạo của HAGL một lần đưa bóng tìm tới trúng xà ngang và một lần không thể chiến thắng thủ môn đội bạn. Tuy nhiên sau đó, anh vẫn có được bàn thắng cho riêng mình và cùng Olympic Việt Nam giành chiến thắng 3-0 trước Olympic Pakistan.