Nhà cựu vô địch Olympic ở cự ly 1.500 mét từng bị chỉ trích vì giữ vị trí làm đại sứ của hãng đồ thể thao Nike khi nhận chức Chủ tịch IAAF. Sau đó Coe đã quyết định chấm dứt hợp tác với Nike để làm yên dư luận nhưng vẫn không tránh khỏi những lời ra tiếng vào, đặc biệt khi thành phố Eugene, nơi đặt trụ sở của Nike, giành quyền đăng cai giải điền kinh vô địch thế giới năm 2021.
Cũng vì quan hệ với Nike mà Sebastian Coe không nhận được sự đồng thuận của nhiều thành viên trong Liên đoàn điền kinh thế giới, sau khi những bê bối về tham nhũng tại IAAF bị phát hiện.
Trong đó Coe cũng bị đặt dấu hỏi khi từng có thời gian làm việc dưới quyền của cựu Chủ tịch Lamine Diack, người vừa bị bắt giữ để điều tra về hành vi nhận hối lộ và tham nhũng.