Ở bất kỳ đại hội thể thao nào, bóng đá luôn là môn nhận được sự quan tâm lớn của NHM. SEA Games 31 không phải ngoại lệ. Một tháng trước ngày khởi tranh, BTC nước chủ nhà tổ chức bốc thăm vòng bảng bóng đá nam và nữ.

Lễ bốc thăm sẽ được tổ chức lúc 10h00 ngày 6/4. Bóng đá nam được quy định độ tuổi U23+3. Các đội bóng có thể đăng ký sơ bộ tối đa 50 cầu thủ nhưng chỉ đăng ký thi đấu 20 cầu thủ.

BTC phân định nhóm hạt giống dựa vào thành tích ở hai kỳ SEA Games gần nhất.  U23 Việt Nam và U23 Thái Lan đều một lần giành HCV nên nghiễm nhiên được chọn làm hạt giống số 1.

Chủ nhà U23 Việt Nam mang mã số A1, thi đấu trận khai mạc. U23 Thái Lan mang mã số B1. Nhóm các đội còn lại sẽ lần lượt bốc thăm vào các bảng đấu, gồm nhóm 2 (Indonesia, Malaysia), nhóm 3 (Myanmar, Campuchia), nhóm 4 (Philippines, Singapore), nhóm 5 (Lào, Timor Leste).

Bảng A có sự góp mặt của U23 Việt Nam sẽ thi đấu ở sân Việt Trì (Phú Thọ), bảng B thi đấu ở sân Thiên Trường (Nam Định). Hai khung giờ thi đấu được xác định là 16h00 và 19h00. Môn bóng đá nam sẽ khởi tranh từ ngày 6/4.

Ở môn bóng đá nữ, đội tuyển Việt Nam mang mã A1 vì hai lần giành HCV ở hai kỳ SEA Games gần nhất và cũng là chủ nhà. Thái Lan mang mã B1 sau khi cả hai lần giành HCB. Myanmar và Philippines nằm ở nhóm hạt giống số 2. Các đội bóng còn lại là Campuchia, Indonesia, Singapore và Lào ở nhóm hạt giống số 3 và 4.

Vòng bảng môn bóng đá nữ diễn ra từ 9-15/5. Bảng A của đội tuyển Việt Nam thi đấu ở sân Cẩm Phả (Quảng Ninh).