Theo ông Nguyễn Văn Phú, Giám đốc Trung tâm Doping và Y học thể thao, Ban Tổ chức đã lên xây dựng kế hoạch kiểm tra doping cho SEA Games 31, với số lượng dự kiến từ 1.100 đến 1.200 mẫu được lấy. Con số này được hoạch định dựa trên các quy định quốc tế về phòng chống doping gắn với dự báo về tổng số VĐV tham dự Đại hội, và có thể điều chỉnh sau khi các nước đăng ký cụ thể.
Đáng chú ý, ngoai kiểm tra mẫu nước tiểu, Ban Tổ chức còn áp dụng lấy mẫu máu, với tỉ lệ chiếm 10%. Đối tượng kiểm tra gồm tất cả các VĐV giành HCV, một phần các VĐV đoạt HCB, HCĐ. Việc kiểm tra đột xuất và ngoài thi đấu cũng sẽ được thực hiện.
Do điều kiện tại Việt Nam chưa sẵn có, các mẫu thử sẽ được gửi ra nước ngoài kiểm tra tại một trung tâm được Cơ quan Chống Doping quốc tế (WADA) công nhận. Theo thông lệ các kỳ Đại hội trước, Ban Tổ chức SEA Games 31 sẽ yêu cầu các nước dự tranh kiểm tra 30-50 mẫu, và gửi báo cáo một tháng trước ngày khai mạc. Với chủ nhà Việt Nam, để phòng ngừa nguy cơ, từ năm 2021, Tổng cục TDTT cũng đã cho kiểm tra doping tại các giải quốc nội, cả giải VĐQG lẫn giải Trẻ, theo các phương thức ngẫu nhiên, đột xuất hay ngoài thi đấu.
17 năm qua, thể thao Việt Nam có 16 VĐV bị phát hiện dương tính với chất bị cấm. Cử tạ là môn có nhiều VĐV dính nhất, với 6 đô cử bị phát hiện, qua các cuộc kiểm tra bắt buộc tại các giải đấu và kiểm tra đột xuất của Liên đoàn Cử tạ thế giới (IWF).