Messi lần đầu tiên tham dự World Cup vào năm 2006 khi giải đấu được tổ chức trên đất Đức. Anh là cầu thủ trẻ nhất ra sân cho đội tuyển Argentina ở sân chơi World Cup và lập tức gây ấn tượng với bàn thắng vào lưới Serbia để trở thành cầu thủ trẻ nhất ghi bàn ở giải đấu năm đó.

Nhưng sau đó, Messi lại bất ngờ ngồi dự bị ở trận quan trọng của đội tuyển Argentina gặp chủ nhà Đức ở tứ kết. Hai đội bất phân thắng bại trong thời gian thi đấu chính thức và đội tuyển Đức giành chiến thắng trên chấm sút phạt luân lưu.

Argentina đã thất bại trước đội tuyển Đức ở World Cup 2006

Sau đó, HLV Jose Pekerman bị sa thải với rất nhiều lời chỉ trích nặng nề rằng, Messi đã có thể thay đổi kết quả trận đấu gặp Đức nếu được ra sân. Nhưng HLV Pekerman chưa bao giờ tiết lộ lý do ông loại Messi khỏi trận tứ kết World Cup 2006. Phải chờ đến 14 năm sau khi trận đấu kết thúc, một học trò cũ lên tiếng minh oan cho HLV Pekerman.

Trả lời phỏng vấn Đài phát thanh Enganche, cựu hậu vệ đội tuyển Argentina, Leandro Cufre cho biết: “Pekerman là một quý ông. Ông ấy không bao giờ nói rằng Leo (Messi) không xứng đáng ra sân ở trận gặp Đức”.

“Leo gần như không thể chạy. Cậu ấy không có tình trạng tốt vì chấn thương. Pekerman có thể nói ra chuyện này vì cả đất nước đang đòi giết chết ông ấy. Nhưng ông ấy đã quyết định không bào chữa cho thất bại của mình”.

Messi thi đấu khá ấn tượng ở World Cup 2006

“Ở phút 83 trận gặp Đức, chúng tôi đưa một tiền đạo trung tâm vào sân là hợp lý vì Cruz có thể tham gia các pha tranh chấp trên không. Nếu tôi là HLV, tôi cũng sẽ thực hiện thay đổi tương tự. Đối với chúng tôi, Jose Pekerman luôn là một HLV tài năng”.

Năm 2015, HLV Pekerman chỉ nói rằng: “Hình ảnh Messi ngồi trên ghế dự bị rất khủng khiếp. Nó được lan truyền khắp thế giới. Cậu ấy muốn tiếp tục thi đấu. CĐV ở đâu cũng vậy thôi. Họ nổi điên khi đội nhà thua trận. Họ muốn chúng tôi chơi tốt và chiến thắng tất cả các trận đấu”.