Messi là một huyền thoại của Barca và đã nhiều lần cứu nguy cho CLB từ khi còn chưa khoác áo đội một. 

Ngày 14/9/2003, Messi ra mắt đội Barca Juvenil A sau 2 năm ăn tập ở lò đào tạo La Masia trứ danh. Anh có màn trình diễn xuất sắc để lọt vào mắt xanh của HLV Frank Rijkaard.

Chỉ 2 tháng sau, thần đồng người Argentina được trao cơ hội thi đấu cho đội một Barca ở trận giao hữu gặp Porto của HLV Jose Mourinho. Đây là một bước ngoặt quan trọng đối với sự nghiệp của Messi.

Nhưng cùng thời điểm đó thì đội Barca C lại thi đấu không tốt ở giải hạng 3 Tây Ban Nha. Họ rớt xuống vị trí cuối cùng trên bảng xếp hạng sau thất bại trước CE Manresa tại vòng 14.

Tình thế khẩn cấp buộc Messi phải trổ tài để cứu đội nhà thoát khỏi cảnh nguy khốn. Khi đó, anh là cầu thủ trẻ thứ hai của đội bóng gồm toàn các cầu thủ từ 18-21 tuổi. Thần đồng người Argentina chỉ hơn đồng đội Oriol Riera đúng 9 ngày tuổi.

Nhưng Messi vẫn là nhân tố chính giúp Barca C thoát hiểm, bắt đầu từ chiến thắng trước Europa CE ở vòng 15. Sau đó, Messi lập hat-trick trong chiến thắng 3-2 trước đối thủ trực tiếp UDA Gramenet B tại vòng 18. Trận thắng quan trọng này giúp Barca C tạm vươn lên xếp thứ 17 để thoát khỏi nhóm xuống hạng.

Đến tháng 2/2004 thì Barca C đã xếp thứ 15 và thành tích này có đóng góp lớn của Messi. Trước khi Messi đến, đội bóng chỉ thắng 1 trận và kiếm được 9 điểm trong 14 vòng đầu. Nhưng sau đó họ thắng 5, hòa 4 và chỉ thua 1 trận khi có La Pulga trong đội hình.

Tuy nhiên, khi Barca C đã ở vị trí an toàn và có phong độ tốt thì cũng đến lúc Messi rời đi. Anh chuyển lên thi đấu cho đội Barca B từ tháng 3/2004 và ra mắt với chiến thắng trước Mataro. Trong khi đó, Barca C kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 9 chung cuộc.

Mùa giải 2003/04 đánh dấu bước tiến vô cùng quan trọng đối với sự nghiệp của Messi khi anh leo một mạch qua 4 cấp, từ Juvenil B, Juvenil A, Barca C, Barca B và lên đội một Barca. Trong khoảng thời gian này, thần đồng người Argentina đá 46 trận, đóng góp 43 và 9 kiến tạo.

Đến tháng 10/2004, Messi chính thức ra mắt đội một Barca khi vào sân thay người ở trận gặp Espanyol.